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研究进展

武汉植物园在番茄枸杞远缘嫁接中的miRNA组学取得新进展

  番茄(Solanum lycopersicum)和枸杞(Lycium chinense)同属茄科植物(Solanaceae),但不同属。嫁接(grafting)是一种简单而有效的植物繁殖方式,广泛应用于蔬菜、水果生产中。远缘嫁接(distant-grafting)是指两个不同种、属、甚至科之间的嫁接。我们课题组于2015年成功报道了番茄枸杞间的远缘嫁接研究,并发现嫁接导致了接穗的植物生长状态、番茄果实大小、形状和重量、以及某些果实营养指标的改变。这些表型和生理层次上的改变,是否涉及到miRNA组学上的差异。众所周知,microRNA是一类长度为20-24 nt的内源性的非编码的小RNA,广泛存在于真核生物。miRNA通过调控基因的表达从而参与植物的生长发育过程,以致在植物核心调控网络中被称为“Master Regulators”

  中国科学院武汉植物园已毕业的博士留学生A.B.M. Khaldun 和黄文俊副研究员共同在王瑛研究员的指导下,对番茄枸杞远缘嫁接中的miRNA组学进行了比较研究。在这项研究中,嫁接在枸杞砧木上的番茄为处理样本,而自我嫁接的番茄和作为砧木的枸杞为对照样本,采用Illumina 高通量测序技术对这些样本进行了small RNA测序分析,主要结果有:

  1、构建了番茄的miRNA profile (包含68known miRNA168个假定的novel miRNA);

  2、相对于对照番茄而言,嫁接番茄的果实中发现了163miRNA差异表达(上调表达的123个),而在茎尖中仅有43miRNA差异表达(上调表达的仅28个);

  3、预测了这些差异表达miRNA的靶基因,涉及到众多的代谢和调控途径,KEGG分析表明“metabolic pathway”是基因最富集的途径;

  4、通过样本间miRNA组学的比较分析,发现了3miRNA可能从砧木长距离运输到接穗中。

  本研究得到国家自然科学基金(3120024231470391)和宁夏自治区农业综合开发科技项目的支持,相关结果发表在Frontiers in Plant Science 学术期刊上。

  论文链接 

番茄枸杞远缘嫁接中miRNA组学的比较分析 

比较功能基因组学学科组 黄文俊